Космический линкор Ямато

В 2199 году на Землю наступает инопланетная раса из Империи Гамилус, возглавляемая Лордом Деслером, с целью завоевания планеты. Из-за их атмосферы, насыщенной радиацией, они начинают обстреливать поверхность Земли радиоактивными астероидами, сделав её непригодной для обитания людей. Человечество вынуждено спрятаться под землю от опасной угрозы.

Тем временем на Марсе происходит крушение космического корабля другой цивилизации. На борту обнаруживают погибшую девушку с посланием от правительницы планеты Искандер. В этом послании Старся Искандар предлагает помощь землянам в борьбе с инопланетной угрозой, предлагая отправиться на свою родную планету, где есть устройство способное очистить Землю от радиации. К сообщению прилагается инструкция для создания мощного космического двигателя.

Найдя затонувший корабль Ямато времен Второй Мировой войны на планете, главные герои проводят модификации и отправляются в космическое путешествие под командованием капитана Дзюдзо Окиты в поисках Искандера. Но у них есть всего год для того, чтобы достичь цели, иначе человечество может быть обречено на исчезновение.